中空纤维膜MBR的清洗方法更加便捷，清洗周期更长
膜组件的清洗分为在线清洗和离线清洗。
中空纤维膜的在线清洗较为频繁，而清洗工序复杂，需要将配好的化学药剂通过剂量泵加压打入膜丝内部，完成清洗。而平板膜的在线清洗一方面通过运行中的曝气实现，另一方面通过在线化学清洗实现。
平板膜生物反应器可通过控制组件底部的曝气系统的曝气量，对膜片表面进行有效的水力冲刷，防止在抽吸过程中污泥在膜表面过度淤积，在运行过程中就对膜表面的污染起到控制作用。平板膜组件的化学清洗（在线清洗）也更加简单，只需要把调配好的药剂从抽吸口回灌入膜片中，浸泡一段时间即可。
中空纤维膜MBR的离线清洗需将整个膜组件吊出，放置于清洗池中，使用化学药剂浸泡。平板膜的清洗既可将膜组件吊出清洗也可将膜元件单片抽出清洗。平板膜的离线清洗方式多样性也解决了工程场地狭小，不宜起吊的问题。
同时，相对于中空纤维-膜生物反应器，平板膜生物反应器的清洗周期更长，清洗周期可达3个月以上，且如果工作压力始终处于比较低的状态，甚至可以不清洗。平板膜组件还可以通过低压水枪冲洗等物理清洗的方法使膜通量得到恢复，而这对于中空纤维膜几乎是不可能的。
中空纤维膜MBR的寿命长，运行费用低
据不完全统计，现在市场上的中空纤维膜在生活污水、市政废水、类生活污水的处理工程中平均寿命为4年左右，在工业废水、医药废水等工程中的平均寿命为2年左右，在垃圾渗滤液、电镀废水、难降解有机废水等工程中几乎不能使用。
市场上平板膜在生活污水、市政废水、类生活污水的处理工程中平均寿命为5年左右，在工业废水、医药废水等工程中的平均寿命为3年左右，可适用于垃圾渗滤液、电镀废水、难降解有机废水等工程。
平板膜的更换周期要比中空纤维膜长，相对来说运行费用大大降低，且保证了良好的运行状况。同时平板膜可以实现单张更换，更换成本也相对更低。
